Университет является флагманом медицинской и фармацевтической науки и образования Республики Башкортостан, занимает лидирующие позиции по многим критериям в стране.
Руководство университета во главе с ректором способствуют развитию сотрудничества с Китаем, Казахстаном, Узбекистаном и Киргизией, укреплению сотрудничества с ведущими вузами Германии. Сегодня обучающиеся, преподаватели и врачи БГМУ интегрированы в международную практику, ученые вуза ведут совместные исследования по актуальным проблемам медицины.
На сегодняшний день в университете обучается более 15000 студентов, более 2800 ординаторов со всей России, ближнего и дальнего зарубежья. Уникальность БГМУ Минздрава России заключается в наличии собственной клиники, на базе которой лечебный, научный и учебные процессы осуществляются в неразрывном единстве.
В процессе обучения студенты работают в компьютерных классах, используют видеотехнику, проводят эксперименты на животных. Особое внимание уделяется выработке у студентов практических навыков, поэтому ведущие клинические кафедры расположены на базах крупных лечебных учреждений города, оснащённых современным лечебно-диагностическим оборудованием. На всех кафедрах функционируют студенческие научные кружки, члены СНО занимают призовые места на студенческих конференциях вузов страны. В одном из корпусов зданий кампуса расположен санаторий-профилакторий для студентов и преподавателей. Основной концепцией учебного процесса является создание интеллектуальной среды посредством планирования и подготовки выпускников, способных воспроизводить, развивать и обеспечивать высококвалифицированную многоуровневую медицинскую помощь и развитие системы здравоохранения.
