Университет готовит высококвалифицированных специалистов по следующим направлениям: химия, биология, фармация, химическая технология, биотехнология, медицинские технологии, экологическая безопасность, контроль качества.
Обучение ведется на факультете промышленной технологии лекарств, фармацевтическом факультете и в институте международных образовательных программ. Действуют несколько НОЦ, в том числе на базе ведущих фармацевтических компаний:
молекулярных и клеточных технологий (Биокад, НИИ вакцин и сывороток ФМБА России), физико-математических наук и цифровых технологий и другие.
Образовательные программы СПХФУ в 2022 получили международную и профессионально-общественную аккредитацию. Программы бакалавриата, специалитета, магистратуры и ординатуры признаны полностью соответствующими критериям и требованиям международных стандартов ENQA (Европейская ассоциация агентств гарантии качества высшего образования) и требованиям ведущих представителей фармацевтической отрасли.
